Die Summe der im Bundestag gezahlten Funktionszulagen stieg 2009 auf 3,6 Millionen Euro. Noch 1999 waren es umgerechnet nur 2,3 Millionen. Während bei Grünen und Linken neben den Fraktionschefs lediglich deren Stellvertreter sowie Fraktionsgeschäftsführer Anspruch auf die Bonuszahlungen haben, ist der Kreis der Empfänger bei CDU/CSU, SPD und FDP deutlich größer. Die FDP honoriert nach Informationen des stern auch ihre Arbeitskreisvorsitzenden, Union und SPD auch die jeweils 21 fachpolitischen Sprecher. Die Fraktionen von CDU/CSU, FDP und SPD wollten auf stern-Anfrage keinerlei Auskunft über den Kreis der Begünstigten und die Höhe der von ihnen gewährten Zahlungen machen. Die Fraktionsetats werden fast ausschließlich aus Steuermitteln finanziert.
Das Gericht hatte in seinem Urteil vor zehn Jahren davor gewarnt, "dass durch die systematische Ausdehnung von Funktionszulagen Abgeordnetenlaufbahnen und Einkommenshierarchien geschaffen werden, die der Freiheit des Mandats abträglich sind". Gegenüber dem stern bestritten alle Fraktionen von CDU/CSU bis Linke, dass dieses Urteil auch die Praxis im Bundestag betreffe. Der damals beteiligte Bundesverfassungsrichter Hans-Joachim Jentsch, selbst ein ehemaliger CDU-Bundestagsabgeordneter, sagte dem Magazin dagegen: "Ich halte das für eine Entscheidung, die für alle Parlamente gilt." Auch in dem angesehenen Grundgesetzkommentar von Maunz/Dürig heißt es, die "Besorgnisse" des Verfassungsgerichts dürften "gleiches Gewicht haben, unabhängig von der Frage, aus welchem Etat (Bundestag/Landtag oder Fraktion) Funktionszulagen bezahlt werden".