Hermann folgt dem derzeitigen Bayer 04-Trainer Jupp Heynckes zum FC Bayern München, wo Heynckes ab der nächsten Spielzeit tätig ist. Wolfgang Holzhäuser, Geschäftsführer von Bayer 04, sagte: „Wir bedauern, dass Peter Hermann Bayer 04 Leverkusen Richtung München verlässt.“ Peter Hermann war bereits 1989–2008 Co-Trainer in Leverkusen, bevor er nach 19 Jahren Leverkusen Abschied nahm und zur Saison 2008/2009 zum 1.FC Nürnberg wechselte.
Nach bereits einer Saison kehrte Hermann zurück nach Leverkusen. Nach dem Spiel gegen den 1.FC Kaiserslautern wurde bekannt gegeben, dass Peter Herrmann zum Abschluss seiner Karriere beim FC Bayern München eine neue und letzte Herrausforderung sucht. Beim FC Bayern München wird er weiterhin mit Jupp Heynckes zusammenarbeiten. Bei den Bayer Fans gilt Peter Hermann übrigens als „Legende“.